2）AP、核黃素、TEMED：增加AP和TEMED可加快聚合速率，但過量的AP和TEMED會引起電泳時燒膠和譜帶變形。應選擇合適的配方使聚合在40-60min內完成。
3）pH：堿性條件下聚合快，但堿性過強時膠硬而脆，需高pH時應減少AP和TEMED用量，制酸性膠可加AgNO3等促進聚合。
4）溫度：溫度高聚合快，但高濃度凝膠聚合時易產生小氣泡，低溫(5℃)聚合凝膠會變得脆而混濁，一般25-35℃聚合較好。
5）氧分子：氧分子阻礙凝膠聚合，故不含SDS的凝膠最好先抽真空脫氣，再加引發劑。
聚丙烯酰胺凝膠電泳
PAGE應用范圍廣，可用于蛋白質、酶、核酸等生物分子的分離、定性、定量及少量的制備，還可測定相對分子質量、等電點等。 聚丙烯酰胺凝膠電泳又有以下幾種：
非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳
變性聚丙烯酰胺凝膠電泳
連續密度梯度電泳
聚丙烯酰胺凝膠等電聚焦電泳
聚丙烯酰胺凝膠雙向電泳
聚丙烯酰胺凝膠電泳 （DNA序列分析）
1 儀器： PCR擴增儀（96孔）、序列分析電泳槽：DYCZ-20C\DYCZ-20G、高壓電源：DYY-10C或DYY-12型 水平搖床（WD-9405D）、電子天平 (精確1毫克) 、移液槍：WD-2108 、雙顯磁力攪拌器、高壓蒸汽滅菌鍋、pH計、水浴鍋、高速臺式冷凍離心機、微型離心機：WD-2105A/B等
2 實驗試劑： 乙二胺四乙酸二鈉(EDTA-Na2)、Tris堿、10×Buffer、 dNTP、TaqDNA聚合酶、引物、去離子甲酰胺、溴酚藍 、 二甲苯青FF、甲叉雙丙烯酰胺、丙烯酰胺、硼酸、尿素、 親和硅烷、剝離硅烷、四甲基乙二胺、過硫酸銨、硝酸銀 、DNA Marker(根據PCR片段大小選擇合適的Marker范圍， 如SSR實驗的范圍在100bp—400bp之間)
聚丙烯酰胺凝膠分為非變性凝膠和變性凝膠 所謂非變性凝膠，即在凝膠中不加SDS和巰基乙醇等變性劑，這種凝膠中，蛋白質仍保持活性，其遷移率受它的靜電荷與分子大小兩個因素的影響。因此在非變性凝膠中進行電泳是不能測得分子量的，常用于酶的鑒定、同工酶分析和提純。 所謂變性凝膠，即在凝膠中加入變性劑，如尿素、SDS(十二烷基磺酸鈉)、巰基乙醇、DTT等。這些變性劑可以破壞或改變蛋白質的結構，把絕大部分蛋白質分離成組成它們的亞基。同時在蛋白質分子周圍包圍了大量負電荷。這種電荷基本上掩蓋了無變性劑存在時正常就有的任何電荷。蛋白質在這種變性凝膠中的遷移率與它們分子量的對數成直線關系。因此利用變性凝膠進行電泳可以測得蛋白質的分子量。目前應用較多的變性劑為SDS。
